На запрос об этом происшествии из местного органа большевицкой власти Владыка Гермоген ответил письменно, отказавшись от какого бы то ни было личного общения: «Россия юридически не есть республика, никто Её таковой не объявлял и объявить не правомочен, кроме предполагаемого Учредительного Собрания. Во-вторых, по данным Священного Писания, государственного права, церковных канонов, а также по данным истории, находящиеся вне управления своей страной бывшие короли, цари и императоры, не лишаются своего сана как такового и соответствующих им титулов, а потому в действиях причта Покровского храма ничего предосудительного не усмотрел и не вижу».
На Литургии Владыка всегда вынимал частички за Царскую Семью, свято храня любовь к Ней. Есть сведения, что во время пребывания Государя в Тобольской ссылке Владыка испросил у него прощения за то, что поверил наговорам на Г.Е. Распутина, и Государь со смиренным сердцем простил его.
В январе 1918 года, после принятия большевиками декрета об отделении Церкви от государства, ставившего верующих в действительности вне закона, архипастырь обратился к народу с воззванием, которое заканчивалось словами: «Станьте на защиту своей веры и с твёрдым упованием скажите: «Да воскреснет Бог и расточатся врази Его»».
Власти стали усиленно готовиться к аресту непреклонного епископа, но Владыка, не смущаясь, назначил на Вербное Воскресенье 15 апреля 1918 года Крестный ход. Он говорил: «Я от них пощады не жду, они убьют меня, мало того, они будут мучить меня, я готов, готов хоть сейчас. Я не за себя боюсь, не о себе скорблю, боюсь за жителей — что они сделают с ними?».
Накануне праздника, 13 апреля, в архиерейских покоях появились вооруженные красноармейцы. Не обнаружив епископа, они учинили обыск в его покоях и осквернили алтарь домовой церкви. Крестный ход собрал множество верующих. Со стен городского Кремля хорошо был виден дом, где томилась в заключении Царская Семья. Владыка, подойдя к краю стены, высоко поднял крест и благословил Августейших Страстотерпцев, которые смотрели из окон на Крестный ход.
Сопровождаемый пешими и конными отрядами милиции, Крестный ход привлёк много верующих, но на обратном пути (ход окончился в половине пятого) ряды народные стали редеть, так что милиция без труда (сначала при помощи обмана) разогнала оставшихся прикладами и арестовала Владыку. На колокольне рядом с архиерейским домом ударили в набат. Большевики выстрелами согнали с колокольни звонарей. Остальные возмущавшиеся были также разогнаны.
Владыка был заключён в Екатеринбургскую тюрьму. В заточении он много молился. В одном из писем, которое удалось переслать на волю, Святитель писал, обращаясь к «благоговейно любимой и незабвенной пастве»: «Не скорбите обо мне по поводу заключения моего в темнице. Это моё училище духовное. Слава Богу, дающему столь мудрые и благотворные испытания мне, крайне нуждающемуся в строгих и крайних мерах воздействия на мой внутренний духовный мир... От этих потрясений (между жизнью и смертью) усиливается и утверждается в душе спасительный страх Божий...».
Продержав Владыку несколько месяцев в заточении, областной совнарком потребовал выкуп — сначала в сто тысяч рублей, но, убедившись, что такой суммы ему не собрать, уменьшили её до десяти тысяч рублей. Когда деньги, пожертвованные местным коммерсантом Д.И. Полирушевым, были принесены духовенством, власти дали расписку в получении требуемой суммы, но вместо освобождения епископа арестовали и троих членов делегации: протоиерея Ефрема Долганова, иерея Михаила Макарова и Константина Минятова, о дальнейшей участи которых ничего более не известно. Видимо, их мученическая кончина предварила кончину Владыки.
Вскоре Святитель был перевезён в Тюмень и доставлен на пароходе к селу Покровское. Все узники, за исключением епископа и священника церкви Каменского завода, благочинного второго округа Камышевского уезда Екатеринбургской губернии, иерея Петра Карелина, были расстреляны. Владыка и отец Пётр были заключены в грязном трюме. Пароход направился к Тобольску. Вечером, 15 июня, когда священномучеников переводили с одного корабля на другой, Владыка, подходя к трапу, тихо сказал лоцману: «Передайте, раб крещёный, всему великому миру, чтоб обо мне помолились Богу».
Около полуночи с 15 на 16 июня большевики сначала вывели на палубу парохода «Ока» иерея Петра Карелина, привязали к нему два больших гранитных камня и сбросили в воды реки Туры. Та же участь постигла и Владыку (по некоторым сведениям, Владыку привязали к пароходному колесу, которое затем привели в движение. Это колесо искромсало живое тело Владыки).
Честные останки Святителя были вынесены на берег 3 июля и обнаружены крестьянами села Усольского. На следующий день они были похоронены крестьянином Алексеем Егоровичем Маряновым на месте обретения. В могилу был положен и камень.
Вскоре город был освобождён войсками Сибирского Правительства и останки Святителя были извлечены, облачены в архиерейские одежды, и торжественно погребены в склепе, устроенном в Иоанно-Златоустовском приделе на месте первой могилы святого Иоанна, митрополита Тобольского.
Священномученики Гермоген, Ефрем, Пётр, Михаил и мученик Константин причислены к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
