Епископ вышел из экипажа и пошел пешком по тающему льду через реку в сопровождении конвойных, которые всю дорогу насмехались над ним.

В Екатеринбург владыка прибыл 18 апреля и был помещен в тюрьму вблизи Сенной площади, рядом с Симеоновской церковью Дверь камеры выходила в особый коридор, перпендикулярный главному и отделенный от него глухой дверью с запором. Надзор администрации был очень строгим, камера постоянно находилась на замке, пронести можно было только обед, который доставлялся из местного женского монастыря, воду для чая и одну-две книги религиозно-нравственного содержания, но на это требовалось каждый раз разрешение комиссара. Bo-время одной из первых прогулок владыки комиссар Оплетин приказал оставить всех заключенных в камерах, а на прогулку выпустить только епископа и женщину. А затем вместе со стражей комиссар потешался над епископом и его невольной спутницей, говоря разные гнусности специально для заключенных, смотревших из всех камер двухэтажного тюремного здания. После этого владыка от прогулок отказался.

В тюрьме святитель или читал, или писал, но больше молился и пел церковные песнопения. Читал он по преимуществу Новый Завет в переводе Константина Победоносцева и жития святых.

Милостью Божией ему удалось через старика-сторожа Семена Баржова установить переписку со священником Симеоновской церкви Николаем Богородицким, а через него - с епископом Екатеринбургским Григорием (Яцковским) и с прибывшей от епархиального съезда делегацией - протоиереем Ефремом Долганевым, братом епископа Гермогена, священником Михаилом Макаровым и присяжным поверенным Константином Александровичем Минятовым. Вот случайные, но весьма характерные строки из писем епископа, свидетельствующие об его неизменном молитвенном настроении.

"Я почти каждый день бываю на литургии в храме угодника Божия Симеона, Верхотурского чудотворца. Каким образом? Во время звона мысленно у жертвенника поминаю всех присно и ныне поминаемых, живущих и почивших.

После звона "во-вся" произношу: "Благословенно Царство", - и затем всю литургию до отпуста; и замечательно, что "достойно и праведно" мне весьма часто удавалось петь или произносить, когда звонят "к достойно".

Владыка, несмотря на трудные тюремные условия и преклонный возраст, был бодр духом и благодушно переносил испытания. Он был всем доволен и сердечно благодарил за те хлопоты, которые доставляли его узы близким.

Утешая свою "благоговейно любимую и незабвенную паству", владыка писал:
"Дорогие о Господе!
Утеши, образуй и возвесели вас Господь. Вновь всей душой молю, не скорбите обо мне по поводу заключения моего в темнице. Это мое училище духовное. Слава Богу, дающему столь мудрые и благотворные испытания мне, крайне нуждающемуся в строгих и крайних мерах воздействия на мой внутренний духовный мир...

Вместе с тем эти видимые и кажущиеся весьма тяжкими испытания составляют в сущности естественный и законный круг условий и обстоятельств, неразрывно связанных с нашим служением. Прошу лишь святых молитв ваших, чтобы перенести эти испытания именно так, как от Бога посланные, с искреннейшим благочестивым терпением и чистосердечным благодарением Господу Всемилостивому... что 1) сподобил пострадать за самое служение Им на меня возложенное, и 2) что самые страдания так чудно придуманы (хотя совершаются врагами Божиими и моими) для внутренней, сокровенной, незримой для взора человеческого "встряски" или потрясения, от которых ленивый, сонливый человек приходит в сознание и тревогу, начинает трезвиться, бодрствовать не только во внешнем быту, но главное в своем быту внутреннеишем в области духа и сердца; от этих потрясений (между жизнью и смертью) не только проясняется внутреннейшее глубокое сознание, но и усиливается и утверждается в душе спасительный страх Божий - этот чудный воспитатель и хранитель нашей духовной жизни... Посему воистину - слава Богу за все... Если Господу угодно, и Он может вам сделать что-либо для возможности вскоре вновь вступить в служение, слава и великое благодарение Богу, а если нет, то да будет Его Премудрая Святейшая Воля и Промышление".

В тюрьме владыка написал Патриарху Тихону письмо с изложением всех событий и смиренно просил оставить его на Тобольской кафедре, а пребывание в тюрьме и всякое другое насильственное задержание вне епархии считать за продолжение служения. Прибывшая от епархиального съезда делегация начала хлопоты по освобождению епископа на поруки.

Совет депутатов назвал сумму залога в сто тысяч рублей. Узнав об этом, владыка написал: "Дорогие о Господе, о. Николай, о. Ефрем, о. Михаил и Константин Александрович! (Протоиереи Николаи Богородицкий. протоиереи Ефрем Долганов. священник Михаил Макаров и К. Д. Минятов.)