Был произведен обыск в обоих домовых храмах. Латыши-лютеране разгуливали по алтарю в шапках, дотрагивались до жертвенника и до святого престола, смеялись над православными святынями. Предположив, не скрывается ли владыка под престолом, они со смехом толкнули его и высоко подняли. Около четырех часов утра обыск в архиерейских покоях закончился, и ямщик, который по распоряжению властей еще с вечера подал лошадей к архиерейскому дому, чтобы увезти владыку, был отпущен.
Той же ночью был произведен обыск в Знаменском монастыре, главным образом в покоях епископа Иринарха и в Михайловском скиту, расположенном в восьми верстах от города. На другой день, в субботу 14 апреля, три члена местного исполкома - Хохряков. Писаревскии и Дуцман - явились в архиерейский дом, где шло заседание епархиального совета, и обсуждались события прошедшей ночи.
Они пожелали поговорить наедине с епископом Иринархом, тот согласился, но с условием, что результаты переговоров будут тотчас же сообщены членам епархиального совета. Советские представители выразили неудовольствие, что епископ Гермоген скрывается, и стали уверять, что ему никакая опасность не угрожает, что обыск производился исключительно с целью изъятия документов.
Владыка Иринарх спросил, насколько справедливы слухи о предстоящем аресте епископа Гермогена и об увозе его в Екатеринбург.
Председатель исполкома Хохряков ответил, что слухи эти вздорные, что никакой арест епископу Гермогену не грозит, он им нужен только для допроса, который ввиду наступающего праздника. Вербного воскресенья, будет отложен до понедельника, но желательно, чтобы в эти дни он молчал по поводу обыска и сопровождавших его обстоятельств. Преосвященный Гермоген прибыл в собор к началу всенощного бдения. Во время богослужения в алтарь вошел член епархиального совета Гаврилов и предупредил владыку о требовании властей.
Владыка ответил:
- Я считаю себя нравственно не вправе не говорить с церковного амвона о тех кощунствах, которые были допущены при обыске в храмах, а в свою неприкосновенность я совершенно не верю. Пусть меня завтра убьют, но я как епископ, как страж святыни церковной не могу и не должен молчать.
За всенощной владыка произнес проповедь, которая была впоследствии восстановлена слушателями. Ввиду важности всего, что касается памяти этого выдающегося священномученика, приведем ее полностью.
"Благодарю Господа Бога, что Он меня сподобил пострадать за Его святое Имя и Церковь. Мои страдания оказались ничтожны в сравнении с другими страдальцами за Христову веру. Как это случилось, я считаю своим долгом пояснить. Я и раньше говорил, и в частных беседах и в проповедях, что я политики не касался, не касаюсь и не буду касаться. Я ее презираю, так как считаю неизмеримо ниже, чем высокое учение Христа. Я только просил и буду просить, чтобы те, кто у власти, не касались Церкви Божией и молитвенных собрании. Мне пришлось и при прежнем старом порядке быть гонимым за свое нежелание принижать свое высокое епископское - звание, апостольское служение в угоду временным земным политическим интересам. Я более пяти лет был за то узником у старого правительства, но остался верен правде своей. Может быть, за ли Господь снова удостоил меня взойти на кафедру епископского служения в Тобольской епархии. Если кто-нибудь здесь имеется из представителей существующей власти, я в их присутствии заявляю перед вами, православные, что моя деятельность чужда политики. Говорят о какой-то моей переписке с бывшим царским домом, но это неправда. Никакой переписки не было. Но если бы кто-либо писал ко мне с просьбой моих святительских молитв, кто меня прежде знал, то неужели я в этом повинен и неужели я, как епископ, не могу молиться обо всех страждущих, от чего бы эти страдания ни происходили (Речь идет о письме одной благочестивой женщины с просьбой молиться за Императора за подписью "Мария", в котором был указан и адрес ее. Но представители советских властен предпочли выдать его за "письмо от Иператрицы Марии" и в таком виде поместили в газете "Тобольский рабочий" в уверенности, что никто не будет проверять. При бегстве большевиков из Тобольска по письмо вместе с другими бумагами епископа осталось брошенным за ненадобностью).
Пытаются меня обвинить в том, что я хотел будто бы подкупить симпатии фронтовиков. Обвиняют меня за то, что я давал и свою посильную ленту и собирал пожертвования в пользу обездоленных, вернувшихся неустроенных воинов. Я всегда горячо любил нашего русского солдата. Люблю и уважаю глубоко и теперь, несмотря на несчастный конец войны, ибо верно, что это несчастие случилось по попущению Божию за грехи наши, а не по вине испытанного в своей доблести рядового русского солдата. Миллионы их легло за спасение родины. Миллионы вернулись с надломленным здоровьем в разоренные, нередко до нищеты, свои семьи. Разве каждый из вас не чувствует, что долг всякого, оставшегося во время войны дома человека. Протянуть руку помощи нуждающемуся солдату. Они обращались ко мне за помощью, да если бы и не обращались за помощью, то я считал бы своим долгом вместе с пасомыми оказать им посильную помощь. Где же тут моя вина? Судите сами, насколько справедливы те, которые видят в моей помощи желание подкупить фронтовиков. На это дело я смотрел как на исполнение заповеди Божией о любви и взаимопомощи, а что было так - лучше спросить об лом тех, кто получал от меня чту помощь. Но что бы ни говорили и ни делали против меня, - Бог им судья: я их простил и теперь прощаю... Еще раз заявляю, что моя святительская деятельность чужда всякой политики. Моя политика - вера в спасение душ верующих. Моя платформа - молитва. С этого пути я не сойду и за это, быть может, я лишен буду возможности в эту ночь спокойно ночевать в своем доме...".