В конце февраля 1918 года в архиерейских покоях состоялось заседание Иоанно-Дмитриевского братства под председательством епископа Гермогина. На собрании владыка произнес горячую речь, в которой нарисовал психологию солдата и воина, отметив, что солдат-страдалец ждет от общества помощи, а не осуждения, и призвал всех помочь солдатам-фронтовикам. Решено было для этой цели организовать особый отдел при братстве. Забота епископа о фронтовиках привела большевиков в бешенство: они старались солдат озлобить, а тут им оказывали помощь, звали к миру.
Обращаясь к вернувшимся с фронта солдатам, святитель писал: "Современные правители требуют от вас поклоняться бездушному идолу, презирать родину и не иметь ее вовсе никогда, презирать и всячески глумиться над православно-христианской верой и Церковью, ненавидеть. преследовать и безнаказанно издеваться над православными священниками и архиереями, ничего не делать такого, что могло бы содействовать общему благу, общему миру как всего населения, так и отдельных слоев его, стараться всегда немедленно и с великой яростью нападать и разрушать всякое благое дело, направленное к удовлетворению вопиющих нужд населения или отдельных слоев его, стараться как можно более всесторонне осуществлять принцип: "чем хуже, тем лучше".
В январе 1918 года, когда был принят декрет об отделении Церкви от государства, святитель обратился к Тобольской пастве:
"Братья христиане! Поднимите ваш голос в защиту церковной апостольской веры, церковных святынь, церковного достояния. Оберегайте святыню вашей души, свободу вашей совести. Никакая власть не может требовать от вас того, что противно вашей вере, вашей религиозной совести!"
Были отпечатаны листки со статьей относительно декрета, где его принятие охарактеризовано как начало лютого гонения на Церковь. Владыка благословил раздать их по храмам, и они скоро разошлись среди населения города. На следующий день ему передали, что большевики находятся в неописуемой ярости по поводу распространения листков. 11 апреля в местной газете они опубликовали против епископа угрожающую статью. Близкие сообщили владыке, что против него что-то замышляется. Святитель был настроен по обыкновению радостно и не обращал внимания на злобу большевиков.
Большевики тем временем усиленно готовились к аресту епископа: реквизировали у населения три десятка лошадей и приготовили повозки, чтобы после ареста сразу же увезти владыку из города.
В четверг, 12 апреля, открывая заседание совета Иоанно-Дмитриевского братства, епископ сказал, что по имеющимся в его распоряжении сведениям, в одну из ближайших ночей он будет арестован и увезен из Тобольска.
Слова его произвели большое впечатление на присутствовавших, стали говорить, что эти слухи не соответствуют действительности, что в городе не найдется руки, которая поднялась бы на архипастыря. Однако точность сведений была доказана, и присутствовавшими овладела тревога, некоторые члены совета стали настаивать, чтобы владыка переехал в Знаменский монастырь, расположенный рядом с Тобольском, где жил викарный епископ Иринарх (Синеоков-Андреевский) с братией.
В два часа ночи епископ приехал в Знаменский монастырь, чтобы обсудить с владыкой Иринархом создавшееся положение. Разговаривали до утра. Владыка Иринарх советовал отдаться под защиту паствы, объявив ей о готовящемся насилии. Но средство было ненадежным. Большевики обязательно заявят, что никаких замыслов об аресте архиерея не существует, и само объявление назовут агитацией против власти. Около шести часов утра владыка выехал из монастыря в город.
Это было время, когда Патриарх Тихон благословил провести крестные ходы по всей стране. "Вот и нам, - сказал епископ Гермоген, - Бог укажет день совершить по нашему городу крестный ход, и мы под сенью святых хоругвей, со святым крестом, святыми иконами пойдем прославлять Бога в песнях духовных, открыто перед лицом врагов веры и святой Церкви исповедовать верность вере отцов и Матери-Церкви".
Крестный ход был назначен на Вербное воскресенье, 15 апреля 1918 года. Вечером 13 апреля, во время богослужения в своем домовом храме, святитель сказал, что ежеминутно ожидает насилия над собой и, может быть, расправа состоится сегодня ночью. Друзья епископа, ссылаясь на примеры церковной истории, когда пастырям Церкви приходилось укрываться от гонителей, просили владыку, хотя бы на несколько часов, пока не выяснятся обстоятельства, воспользоваться их кровом. Он согласился, решив уклониться от ареста ночью, пусть арестовывают днем при народе.
В ту же ночь, около одиннадцати часов, в архиерейские покои явился отряд большевиков. - Где ваш архиерей? Где Гермоген? - спрашивали они встречавшихся. Все отвечали незнанием.
