Митрополит Иоанн был погребен, согласно его завещанию, в алтаре левого придела преподобных Антония и Феодосия, у северной стены Софийского собора. В 1741 году, при митрополите Антонии, этот придел из-за ветхости разобрали, и могила святителя до 1753 года находилась под открытым небом. Скорбя о невнимательном отношении к мощам митрополита Иоанна, почитатели возбудили ходатайство о построении нового придела, который в 1751-53 годах и был построен при митрополите Сильвестре во имя святителя Иоанна Златоуста, небесного покровителя почившего.
После своего блаженного упокоения святитель Божий Иоанн продолжал привлекать к своему гробу своих почитателей, не перестававших молиться о прославлении незабвенного для всей Сибири и выдающегося миссионера-проповедника, подвижника благочестия и примерного архипастыря.
Окончив чреду своего земного служения, святитель Иоанн не оставил своей паствы, возлегши нетленным телом в соборном храме, не оставил своим благословением всех, прибегающих к его помощи, низводя благодать Божию в обильных чудесных исцелениях ищущим его молитвенного предстательства пред Богом. Мы имеем достаточно свидетельств о чудесных исцелениях людей, которые обращались к нему за помощью.
В первый раз совершившееся чудо было записано в 1798 году. В тот год приехали в Тобольск из Барнаульского уезда Томской губернии две крестьянские женщины - дочь и мать. Они просили соборный причт служить в Златоустовском приделе ежедневно литургии в продолжение шести недель. На расспросы о том, что побудило их предпринять такое далекое путешествие, мать рассказала следующее. Двадцатилетняя ее дочь была в течение пяти лет сумасшедшей. В первые годы своей болезни она бегала по лесам, билась, кричала, дралась, неистовствовала так, что приходилось сажать ее на цепь. Потом изредка стала приходить в себя. И вот однажды, во время такого минутного просветления, она неожиданно стала просить свою мать, чтобы та ехала с ней на богомолье в Тобольск. Мать в недоумении спрашивала дочь, для чего ей это надо? На что дочь отвечала, что ей явился какой-то архиерей. Он сказал ей, что она не выздоровеет, пока не помолится в Тобольске на его гробе. Отец и мать, никогда не видевшие архиерея, подумали, что их дочь бредит в припадке своей болезни, и не придали ее словам никакого значения. Между тем дочь снова впала в сумасшествие, а когда пришла в сознание, опять рассказала о бывшем ей ведении. Но и на этот раз они оставили слова дочери без внимания. Наконец, после нового припадка сумасшествия, дочь в третий раз заявляет своим родителям о явлении ей архиерея, который уже стал ей грозить наказанием, если она не поедет в Тобольск. После этого она опять подверглась страшным припадкам сумасшествия. Тогда родители решились, наконец, отправить ее в Тобольск. В дальний путь с больной отправилась мать и работник. Вывезли ее из деревни связанною, так как она была в состоянии буйного помешательства. Но по мере приближения к Тобольску, больная становилась спокойнее, наконец, совсем пришла в сознание, только чувствовала себя весьма слабою. В Тобольске они усердно молились, посещая каждый день Златоустовский придел, где по их просьбе служили литургию в течение шести недель. Болезненные припадки у дочери в Тобольске не возобновлялись, и домой она отправилась уже совершенно здоровой.
Прошло около восьми лет, и одному из соборян, бывшему свидетелем исцеления сумасшедшей девицы, протоиерею Василию Кузнецову, пришлось проезжать по Барнаульскому уезду и случайно остановиться в той самой деревни, где жила исцелившаяся. Она находилась в полном уме, цветущем здравии, была замужем и имела уже детей. Вместе со своими родителями она благодарила Бога за дарованное ей исцеление, прославляя в то же время и угодника Его святителя Иоанна.
В памятной книге Тобольского кафедрального собора записаны многочисленные случаи чудесных исцелений по предстательству святителя Иоанна. Для исследования этих чудотворений, по распоряжению Святейшего Синода, в городе Тобольске учреждена была комиссия под председательством епархиального архиерея. В состав комиссии входили тобольский вице-губернатор, настоятель, ключарь кафедрального собора и благочинный тобольских церквей. Этой комиссией было обследовано до 40 случаев чудесных исцелений от болезни по молитвам святителя Иоанна. Ниже приводятся из многих случаев наиболее поразительные, полная верность которых установлена свидетельскими показаниями, данных под присягой. Вот один из них.
В 1915 году сын проживающего в г. Тобольске отставного капитана Семена Васильевича Черкашина - Михаил заболел кровью. Болезнь протекала в тяжелой форме и осложнилась дизентерией. Больной ребенок был уже приговорен к смерти. Агрипина Михайловна, бабушка Михаила, утром 29 мая решилась обратиться за помощью святителя Иоанна, к предстательству которого, как она часто слышала, обращаются тоболяки в затруднительных случаях своей жизни. Уходя в собор, где покоились мощи святителя Иоанна, бабушка опасалась, что внук в ее отсутствие скончается, так как с ним началась уже агония, конечности посинели и ребенок подавал слабые признаки жизни. Придя в собор, она заказала панихиду по святителю Иоанну с присоединением в ектении прошений об исцелении умиравшего внука. Возвратившись, домой, она воочию убедилась в предстательстве пред Господом святителя Иоанна: увидя бабушку, Михаил поднялся с постели и попросил дать ему просфоры, которую бабушка принесла с собой из собора. На следующий день, Михаила, совершенно здорового, мать и бабушка возили в собор приложить к раке святителя Иоанна, благодаря со слезами святителя за дарование исцеления мальчику(10).
