Надзор за поведением учеников по новому уставу относился главным образом к обязанности инспектора. В помощь инспектору, вскоре по открытии семинарии в новом устройстве, были назначены старшие из лучших учеников семинарии. Обязанности старших были определены особой инструкцией. Впоследствии, в 30-х годах в видах усиления надзора за учениками была учреждена должность, помощника инспектора, которая поручалась одному из наставников. Заведывание хозяйственною частью в реформенной семинария лежало главным образом на экономе.
На содержание семинарии со времени ее преобразования, по штату 1808 года, было ассигновано 17000 рублей, а спустя два года после реформы, 22 мая 1820 года, Высочайше утверждены были новые штаты духовно-учебных заведений, по которым на содержание Тбольской семинарии было назначено 31060 рублей. Хотя эта цифра вследствие падения ценности русских ассигнаций и не была особенно значительной, тем не менее семинария получила теперь возможность устроить свой материальный быт более или менее приличным образом. В конце 1823 года мы встречаем со стороны семинарии совершенно небывалое в ее прошлой истории заявление о состоянии ее материальных средств. Генерал-губернатор Западной Сибири Петр Михайлович Канцевич, всегда принимавший живейшее участие в семинарии и сделавший для нее много добра, перед отправлением своим в Петербург, предложил ректору семинарии, архимандриту Евгению сообщить ему о семинарских нуждах, так, как он намерен, по выражению его письма, «в свою бытность в Петербурге частным образом споспешествовать улучшению Тобольской духовной семинарии». В ответ на это предложение, высказав искреннюю благодарность генерал-губернатору за его заботы о семинарии, ректор пишет следующее: «Тобольская семинария, по ходатайству нашего высшего училищного духовного начальства и по щедротам милостивейшего Государя Императора, преимущественно ревнующего и державно промышляющего о духовном просвещении ко благу Всероссийские церкви и всех сынов своего отечества, теперь ни в чем более не имеет нужды и недостатка». Между тем 23 мая 1836 года утверждены были новые штаты духовно-учебных заведений, по которым оклад Тобольской семинарии был увеличен до 35625 рублей.
В период действия 1814 года расширилось и помещение семинарии постройкой каменного двухэтажного корпуса для казеннокоштных учеников и семинарской больницы. Постройка первого здания начата была 17 апреля 1827 года и окончена в 1829 году. На постройку употреблено 60213 рублей, из которых 50 тысяч были отпущены Комиссией духовных училищ, а остальные деньги взяты из собственных экономических средств семинарии. В верхнем этаже нового корпуса помещены были жилые комнаты казеннокоштных учеников, в нижнем — столовая, кухня, пекарня, комиссарская комната и одна ученическая. Этот корпус существует и теперь, составляя, по приведении семинарских зданий в настоящий вид, ту часть главного семинарского корпуса, которую занимают спальни казеннокоштных учеников, столовая и кухня. Второе здание для семинарской больницы было заложено 6 мая 1840 года и окончено постройкой в 1843 году. Постройка была произведена на счет остаточной семинарской суммы и стоила 25283 рубля ассигнациями. Это здание существует до настоящего времени с тем же самым назначением.
С 14 сентября 1840 года семинария вступила в новый период существования на началах реформы духовных семинарий, произведенной по мысли обер-прокурора Св. Синода, графа Протасова. Новая реформа коснулась главным образом учебной части семинарии, оставляя во всех других частях в полной силе действие устава 1814 года. Существенные изменения, внесенные в семинарию этой реформой, заключаются в следующем. К прежним богословским наукам были присоединены: учение о вероисповеданиях ересях и расколах, применительно к местным и современным потребностям; учение церковных древностей и обрядословия; гомилетика; основания церковных законов и канонического права; учение о должностях пресвитеров приходских. Философские науки, напротив, были сокращены: из всего прежнего множества их оставлены лишь логика и психология. Преподавание на латинском языке богословских и философских предметов было уничтожено; языки французский, немецкий, еврейский и татарский сделаны необязательными. Были введены реформою в круп образования и совершенно новые предметы: естественная история, начальные основания медицины, и сельское хозяйство. Эти предметы, по объяснению официального документа, на основании которого производилась реформа, введены с той целью, чтобы «готовящиеся преимущественно в сельские священники, чрез приобретение нужных сведений в сих науках» могли иметь благотворное влияние на благосостояние народное».
В дальнейшее время существования семинарии после реформы 1840 года в состоянии ее произошли следующие перемены. Со времени открытия в 1842 году Казанской духовной Академии семинария перешла в ведение Правления этой Академии. В 1845 году в семинарии учреждена должность помощника ректора по профессорской части, к которому отошла часть богословских предметов, преподававшихся ректором. В 1858 году введено преподавание истории русского раскола; в 1865 году закрыты классы естественной истории и сельского хозяйства и заменены педагогикой. В материальном отношении положение семинарии за все время действия устава 1840 года оставалось в том самом виде, в какой оно поставлено было штатами 1836 года.
14 мая 1867 года незабвенным для России Царем-Освободителем учреждены были новый устав и новые штаты духовных семинарий. Учебная часть по новому уставу была преобразована в Тобольской семинарии в августе 1870 года, а окончательно со старыми порядками семинария распростилась в 1875 году, и тогда же перешла из монастырского корпуса во вновь выстроенное для нее здание. Устав 1864 года с немногими изменениями, внесенными в него уставом 1884 года, сохраняет свою силу и до настоящего времени.
Да процветает же Тобольская семинария, да стоит она целые века твердо и непреодолимо на началах истинной веры и верующей науки, да умножает с возрастающим успехом свою духовную просветительную деятельность на пользу и славу церкви, отечества и родной ей Сибири.
Из речи произнесенной на торжественном акте
21 сентября 1893 года по случаю 150-летнего юбиления
Тобольской Духовной Семинарии ее преподавателем
А.Н. Судницыным.
Тобольские епархиальные ведомости. — 1893. — № 21—22. — С. 403—422.
