Надзор за поведением учеников имели ректор и префект; впрочем надзор их был отдаленный. Ближайшими наблюдателями за жизнью учеников были: супер интендант, назначавшийся из учителей низших классов и называвшийся иногда инспектором, сениоры, назначавшиеся из учеников старших классов и цензоры. Кроме того, в надзоре за учениками принимали участие учители, жившие в семинарском корпусе, иногда даже монастырская братия и служители. Ученики, жившие в семинарском корпусе, распределены были по разным комнатам; в одних комнатах за поведением учеников смотрели сениоры, в других учителя. Квартирные ученики были распределены по приходам и в каждом приходе был особый сениор. Кроме ординарных сениоров был еще так называемый senior seniorum, на обязанности которого лежало наблюдение за поведением всех учеников и даже самих сениоров. Ректор, перфект и суперинтендант имели иногда еще «потаенных сениоров». Цензоры наблюдали за порядком в классное время; в каждом классе был особый цензор.
Каково же было поведение учеников при таком многочисленном составе наблюдателей? Из месячных и годичных ведомостей видно, что большинство учеников «было нравов добрых и похвальных но было и достаточное число и таких, в поведении которых наблюдались весьма важные проступки. Семинарское начальство аттестовало некоторых учеников так: «беглец, вор и великий плут»; «обнаруживает буйственную непокорность правилам и учреждениям семинарским»; «ленив, груб, непокорен и склонен к пьянству»; «продолжает заниматься и табашною трубкою и буянством»; «не ходит в класс по ленности и распутству».
Мерами к исправлению поведения учеников, а также и, их малоуспешности, служили увещания, наставления, выговоры во время уроков или в столовой, выговоры в присутствии всех учеников, понижение в списках, перевод в низшие классы, поставление на колени в классе или в столовой, наказание розгами, лишение казеннокоштных учеников платья и обуви, лишение казенного содержания. Если же все эти меры не достигали желаемой цели, ученики дурного поведения, а также упорно-ленивые и малоспособные, были увольняемы из духовной семинарии.
Помещалась семинария в обозреваемый период первоначально на архиерейском дворе, где основателем семинарии выстроено было для нее новое каменное здание. Где находилось здание, достоверно неизвестно. В 1770 году преосвященный Варлаам, вследствие увеличения числа учеников, перевел семинарию в Тобольский Знаменский монастырь. На долю семинарии здесь отведена была часть каменного двухэтажного монастырского корпуса и несколько деревянных флигелей. Весною 1788 года в Тобольске свирепствовал пожар, которым истреблено было более 1600 домов и несколько церквей. Не уцелел от пожара и Знаменский монастырь. Пламенем поврежден был каменный корпус и уничтожены деревянные флигели. Вследствие этого ректор, учителя, ученики, монастырская братия, классы, столовая, кухня и проч. должны были стесниться в одном, наскоро поправленном, каменном корпусе. В этом тесном и неудобном помещении семинарии пришлось провести многие годы. Несколько раз со стороны Тобольских преосвященных возбуждаемы были ходатайства перед высшим начальством об отпуске денег на постройку нового здания для семинарии, но долгое время эти ходатайства оставались без удовлетворения. Наконец, в 1804 году, было ассигновано на постройку здания семинарии :20000 рублей, и указом Св. Синода предписано преосвященному Антонию III немедленно приступить к постройке. Так как местоположение Знаменского монастыря в гигиеническом отношении неудобно, то преосвященный Антоний хотел построить семинарию на другом месте, находящемся в лучших условиях, чем Знаменский монастырь. Избран был в нагорной части города, так называемый, мыс Чукман, где в настоящее время находится памятник Ермаку и городской сад. Частью этого мыса издавна владел архиерейский дом, а на остальной части стояло 16 обывательских домов. Главный каменный корпус предположено было строить на мысе, принадлежавшем архиерейскому дому, а потом, по мере надобности, скупать земли у обывателей. При деятельном участии преосвященного Антония составлен был план зданий; в конце июля 1805 года начали копать рвы для главного корпуса, в сентябре окончена кладка фундамента. Весной работы возобновились. Но не суждено было семинарии устроиться на Чукманском мысе. 25 мая 1806 года состоялось определение Св. Синода о перемещении преосвященного Антония с Тобольской кафедры на Ярославскую и о назначении вместо него в Тобольск преосвященного Оренбургского Амвросия (Келембет). Новый преосвященный постройку семинарии на Чукмане признал неудобною и не нужною и дальнейшие работы по постройке приказал приостановить. С мнением преосвященного согласился и Св. Синод и своим указом от 10 декабря 1808 года предписал исправить для семинарии старый монастырский корпус и вновь выстроить для учителей, учеников больницу и поварню, а фундамент на Чукмане «продать желающим или употребить с пользою для предполагаемых в монастыре строений». Во исполнение этого указа за время с 1809 года по 1813 годы были выстроены два корпуса: каменный двухэтажный и одноэтажный деревянный на каменном фундаменте. В последнем здании по распоряжению преосвященного Амвросия была помещена больница. Постройка обоих зданий, не считая стоимости материалов, перевезенных с Чукмана, обошлась в 8734 рубля.
С этим небогатым и непросторным помещением семинария и оставалась до конца рассматриваемого периода.
Тесноте и скромности семинарских помещений соответствовали и прочие стороны материального быта семинарии. В первые годы по открытии семинарии средства к содержанию ее получались из тех же скудных источников, которые питали архиерейскую школу. Между тем расходы с увеличением числа учителей и учеников значительно повысились. Основатель семинарии в свое кратковременное управление Тобольской епархией три раза обращался к высшему правительству с ходатайством об ассигновке на содержание семинарии известной суммы, но эти ходатайства не имели успеха. Приходилось так или иначе довольствоваться местными средствами. По отобрании монастырских и церковных имений в казну, правительство accигновало в 1765 году на содержание семинарий особые деньги, из которых Тобольской семинарии назначено было лишь 490 руб. 16 1/4 коп. в год. И снова из Тобольска направляется в Св. Синод ряд ходатайств об увеличен средств содержания семинарии, мотивированных тем, что «за мало положенною суммою», как писал в своем донесении Св. Синоду преосвященный Варлаам, «латинские держать школы, также учителей награждать жалованьем нечем.., ученикам содержания за мало положенную суммою крайне бывает повсягодно недостаточно». Но все эти ходатайства оставались без удовлетворения. До конца 1779 года семинария продолжала получать 490 руб. 16 1/4 коп. и терпеть крайнюю нужду. 12 декабря 1776 года ректор семинарии, архимандрит Илия доносил преосвященному Варлааму, что «выданное из Тобольской губернской канцелярии жалованье на содержание учеников семинар все до полушки издержано и потому до нового года содержать учеников не на что». Начиная с конца 1779 г оклады семинарии понемногу увеличиваются: в 1779 году до 2000 руб., в 1797 году — до 4000 руб. и в 1808 году — до 8000 рублей.
